پوهنتون سلام غرض گسترش وتوسعه همکاری های علمی به سطح ملی و بین المللی با پوهنتون ها و نهاد های داخلی و خارجی زیادی، تفاهمنامه های همکاری دو جانبه را به امضا رسانیده و از این توأمیت ها به نفع محصلان، استادان و سایر بخش ها استفاده می کند.
پوهنتون سلام در حال حاضر با (7) ارگان دولتی، (15) نهاد غیر دولتی و (15) نهاد علمی در خارج کشور، توامیت و تفاهم دارد که ذیلاً نام های این ادارات ذکر می شود:
ارگان های دولتی:
1. اداره لوی څارنوالی
2. وزارت عدلیه
3. وزارت احیا و انکشاف دهات
4. وزارت فواید عامه
5. وزارت تحصیلات عالی
6. پوهنتون پولی تخنیک کابل
7. پوهنتون تعلیم وتربیه استاد برهان الدین ربانی
ادارات غیر دولتی:
1. کمیسیون مستقل حقوق بشر افغانستان
2. شفاخانه الحیات.
3. مؤسسه جی آی زید ((GIZ
4. پوهنتون خراسان
5. مؤسسه خیریه شاهین سپید
6. انجمن علمی و اجتماعی جوانان پیشگام
7. مؤسسه نسل ها برای صلح و امید
8. حزب اعتدال ملی افغانستان
9. حزب روند سبز افغانستان
10. مومند بنسټ
11. مرکز مطالعات استراتیژیک ومنطقوی
12. پوهنتون غالب
13. مؤسسه تحصیلات عالی افغان
14. شرکت خدمات تیکنالوژی معلوماتی ابر وصل
15. National information technology professionals association- NITPAA
پوهنتون ها و نهاد های بیرونی:
1. پوهنتون بین المللی اسطرلاب واقع کشور لبنان
2. پوهنتون بحر الاحمر واقع کشور سومالیا
3. جامعة ام درمان الإسلامیة- خرطوم (سودان)
4. پوهنتون بین المللی اسلام آباد-پاکستان
5. پوهنتون آي یو آر واقع کشور ترکیه International for Renewal IUR
6. پوهنتون استانبول صباح الدین زعیم واقع کشور ترکیه
7. جامعة القرآن الکریم و العلوم الإسلامیة (سودان)
8. جامعة افریقیا العالمیة (سودان)
9. جامعة السلطان محمد الفاتح الوقفیة - ترکیا
10. Muslim hand Afghanistan
11. Kastamonu university
12. university of management and Technology lahore pakistan
13. Riphah international university-islamabad pakistan
14. المعهد الإسلامی للبحوث و التدریب
15. انجمن دعوت اسلامی افغانان مقیم امریکا(آمو)
16. USIM (universiti sains islam malaysia
17. universiti sultan zainal abdin
پوهنتون سلام در صدد ایجاد روابط و توأمیت های بیشتر با سایر ارگان های دولتی و غیر دولتی نیز می باشد.